Die älteste schriftliche Erwähnung von Milostowitz stammt aus dem Jahr 1255, als Boček von Pernek die Siedlung dem Zisterzienserkloster Saar übertrug. Im Mittelalter befand sich Milostowitz vollständig im kirchlichen Besitz.

Im Jahr 1565 ließ Kaiser Rudolf II. das königliche Gut Hradec einschließlich Milostowitz in die Troppauer Landtafeln eintragen und übergab es Kaspar Pruskovský von Pruskau. Dadurch wurde ein Teil von Milostowitz zu adligem Grundbesitz. Im Jahr 1792 verkaufte Karl Fürst Lichnovský seinen Anteil an Milostowitz an die Johanniterkommende in Troppau. Nach der Aufhebung des Klosters der Heiligen Klara im Zuge der josephinischen Reformen ging dessen Besitz in die staatliche Verwaltung mit Sitz in Meltsch über. Später fiel dieser Anteil ebenfalls an den Deutschen Ritterorden.

Im Jahr 1831 bestanden in Milostowitz 31 Häuser mit 282 Einwohnern. Im 19. Jahrhundert entwickelte sich ein reges Vereinsleben, insbesondere durch eine der ersten Ortsgruppen der Mährisch-Schlesischen Matice, geprägt durch die Aktivitäten des gebürtigen Milostowitzer Vincenz Prasek (1843–1912) und seiner Mitstreiter.

Im Jahr 1912 begann die Flurbereinigung der landwirtschaftlichen Flächen. In der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts war Milostowitz eine wohlhabende Gemeinde mit einer stabilen landwirtschaftlichen Produktion und wirtschaftlicher Entwicklung. In den Jahren 1929/1930 wurde die Elektrifizierung der Gemeinde durchgeführt. Ende der 1930er Jahre begannen Arbeiten am militärischen Grenzbefestigungssystem in der Umgebung.

Während der deutschen Besatzung wurde eine externe deutsche Verwaltung eingesetzt, während in Milostowitz ausschließlich tschechische Bevölkerung lebte. Aufgrund wiederholter Proteste gegen die Besatzungspolitik wurde der Gemeinde mit der völligen Zerstörung gedroht. Am 6. Mai 1945 wurde Milostowitz von der Roten Armee befreit.

In den 1950er Jahren wurde die private Landwirtschaft schrittweise liquidiert; 1955 wurde eine landwirtschaftliche Genossenschaft gegründet. In der Gemeinde wurden ein öffentlicher Rundfunk eingerichtet und eine kommunale Wäscherei geschaffen. Im Jahr 1995 wurde ein öffentliches Wasserleitungsnetz gebaut, vier Jahre später die Gasversorgung eingeführt und die elektrische Leitungsinfrastruktur der Gemeinde modernisiert.