Die Besiedlung von Voitelsbrunn reicht bis in die Zeit der Mammutjäger zurück. Die erste schriftliche Erwähnung des Ortes stammt aus dem Jahr 1305, als der böhmische König Wenzel III. Voitelsbrunn an Ortlieb Hendik übertrug. Die Gemeinde existierte jedoch vermutlich bereits seit der Mitte des 11. Jahrhunderts.

Die Lage an der Grenze zwischen Mähren und Österreich brachte Voitelsbrunn zwar strategische Vorteile, gleichzeitig aber auch wiederholte Überfälle und Plünderungen. Daher wurde Voitelsbrunn vermutlich als Wachansiedlung gegen Bedrohungen aus dem Osten gegründet. Nach der Niederlage der österreichischen Babenberger durch den böhmischen König Vratislav II. im Jahr 1082 wurde Voitelsbrunn dauerhaft Teil Mährens, der Kirchenbesitz und ein Teil des Gemeindeeigentums verblieben jedoch in Händen österreichischer Landesfürsten.

Die Geschichte von Voitelsbrunn ist daher eng mit den Eigentümern des Mikulov-Guts – den Liechtensteinern und Dietrichsteinern – sowie mit den Besitzern des benachbarten Herrschaftsgebiets Falkenstein – Steinebrunn-Fünfkirchen – verbunden. Der erste schriftliche Beleg für Voitelsbrunn ist eine Urkunde von 1305, archiviert im Liechtensteinischen Archiv in Vaduz. In dieser Urkunde übertrug Wenzel III. Voitelsbrunn an Ortlieb Hendik, über den jedoch keine weiteren Nachrichten überliefert sind.

Die Gründung von Voitelsbrunn ist jedoch wesentlich älter und wird auf etwa 1050 datiert. Dafür sprechen nicht nur historische Ortsnamensendungen –brunn (Quelle, Brunnen) oder –dorf (Dorf), typisch für Siedlungen, die zwischen 1000 und 1100 gegründet wurden, sondern auch die historischen Grenzen der damaligen Ostmark, die bis zur Dyje und nach Mähren reichten.

Das Gebiet gehörte ursprünglich Kaiser Heinrich III., der es seinem Statthalter, Markgraf Leopold II. von Babenberg, übergab, der auch die Verwaltung der Herrschaft Falkenstein innehatte, zu der Voitelsbrunn ursprünglich gehörte. Die strategische Lage an der Kreuzung politischer und kultureller Wege brachte häufige Konflikte und Plünderungen während der Kriege mit sich. Die Sorge der Babenberger vor ungarischen Überfällen aus dem Osten war vermutlich der Hauptgrund für die Gründung der Wachansiedlung Voitelsbrunn.