Die Geschichte von Mährisch Budwitz reicht vermutlich bis ins 12., spätestens jedoch in die erste Hälfte des 13. Jahrhunderts zurück. Die Entstehung der Siedlung stand im Zusammenhang mit ihrer günstigen Lage auf einer Anhöhe oberhalb einer Furt über den Bach Rokytka, an der bedeutenden Haberner Steig, einem mittelalterlichen Handelsweg, der Mähren mit Böhmen verband. Die erste schriftliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1231, als die Budwitzer Provinz unter den Wittumsgütern der Königin Konstanze von Ungarn aufgeführt wurde. Der Zusatz „Mährisch“ setzte sich seit Beginn des 15. Jahrhunderts durch, um den Ort von Budweis zu unterscheiden.

Ursprünglich gehörte Mährisch Budwitz zum landesherrlichen Besitz, der von der Burg Vöttau verwaltet wurde. Zunächst handelte es sich um eine Marktsiedlung, die sich um den heutigen ČSA-Platz konzentrierte. In der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts wurde sie um einen weiteren Marktplatz erweitert, den heutigen Friedensplatz. Die Frage nach der Existenz einer mittelalterlichen Burg innerhalb der Stadt ist bis heute ungeklärt, obwohl historische Flurnamen auf ein ehemals befestigtes Herrschaftszentrum hindeuten.

Ein bedeutendes Kapitel der Stadtgeschichte stellt die Herrschaft der Herren von Lichtenburg dar. Unter ihrer Regierung wurde Mährisch Budwitz im Jahr 1498 zu einer untertänigen Stadt erhoben und erhielt das Recht, ein eigenes Stadtwappen zu führen. Ihnen folgten die Herren von Waldstein, deren Herrschaft eine Blütezeit der Stadt einleitete. Obwohl Mährisch Budwitz 1532 von einem verheerenden Brand heimgesucht wurde, entwickelten sich Handwerk, Handel und Bildungswesen in der Folgezeit nachhaltig. Die örtliche Schule gehörte zu den bedeutendsten Bildungseinrichtungen Mährens, während sich die Stadt zugleich durch eine ausgeprägte kommunale Selbstverwaltung und eine vergleichsweise hohe religiöse Toleranz auszeichnete. Der hohe Entwicklungsstand zeigte sich unter anderem im Bau einer städtischen Wasserleitung sowie in der Pflasterung des Marktplatzes.

Nach der Schlacht am Weißen Berg im Jahr 1620 setzte ein deutlicher Niedergang ein. Die Herren von Waldstein verloren ihren Besitz, und die Herrschaft ging an die Grafen von Schaumburg über. Deren Regierungszeit war durch die Einschränkung städtischer Rechte, eine konsequente Rekatholisierung sowie langjährige Rechtsstreitigkeiten mit der Bürgerschaft geprägt. Ein weiterer schwerer Stadtbrand im Jahr 1673 sowie die wirtschaftlichen Folgen des Dreißigjährigen Krieges verschärften die ohnehin schwierige Lage. Dennoch gelang es den Einwohnern, einen Teil ihrer historischen Privilegien, den überwiegend tschechischen Charakter der Stadt sowie die Tradition des Schulwesens zu bewahren.

Im Jahr 1736 gelangte die Herrschaft in den Besitz der Familie Wallis. Obwohl deren Interesse in erster Linie wirtschaftlichen Zielen galt, gestalteten sich die Beziehungen zur Stadt wesentlich konfliktärmer als unter der vorherigen Grundherrschaft. Während der Napoleonischen Kriege wurde Mährisch Budwitz wiederholt von durchziehenden Truppen betroffen. Im Jahr 1809 verstarb hier der französische General Jean Boudet, der feierlich in der Stadt beigesetzt wurde. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde die Region zudem von Unruhen im Zusammenhang mit der Fronarbeit erfasst.

Die Revolution von 1848 brachte grundlegende Veränderungen in der Verwaltung der Stadt mit sich. Nach der Aufhebung der Erbuntertänigkeit wurde Mährisch Budwitz Sitz eines Steuerbezirks und eines Bezirksgerichts sowie später einer Bezirkshauptmannschaft. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts entwickelten sich das Vereinswesen, das kulturelle Leben und die Wirtschaft außerordentlich dynamisch. Es entstanden Lese-, Turn-, Bildungs- und Berufsvereine, unter denen insbesondere der Verein Budivoj eine herausragende Stellung einnahm. Begünstigt wurde diese Entwicklung durch die Gründung einer städtischen Sparkasse, die Ansiedlung industrieller Betriebe sowie vor allem durch den Bau der Eisenbahnverbindung zwischen Wien und Prag, die der Stadt neue wirtschaftliche Perspektiven eröffnete.

Nach der Gründung der Tschechoslowakei im Jahr 1918 setzte sich die Entwicklung der Stadt fort. Neue Schulen, öffentliche Gebäude, ein Elektrizitätswerk sowie weitere Einrichtungen der kommunalen Infrastruktur wurden errichtet. Das wirtschaftliche Wachstum wurde jedoch durch die Weltwirtschaftskrise der 1930er Jahre unterbrochen, die mit hoher Arbeitslosigkeit und erheblichen wirtschaftlichen Schwierigkeiten einherging.

Das Münchner Abkommen von 1938 stellte für Mährisch Budwitz einen tiefgreifenden Einschnitt dar. Die Stadt nahm mehrere Tausend Flüchtlinge aus den besetzten Grenzgebieten auf und entwickelte sich zu einem bedeutenden Verwaltungs- und Kulturzentrum der Region. Nach der Besetzung der böhmischen Länder durch das nationalsozialistische Deutsche Reich entstanden örtliche Widerstandsgruppen, deren Mitglieder sich aktiv am Kampf gegen die Besatzungsmacht beteiligten. Zahlreiche Angehörige dieser Gruppen wurden verhaftet, inhaftiert oder hingerichtet.