Die Geschichte von Jamnitz ist eng mit der Besiedlung der Umgebung einer Furt über den Fluss Želetavka an einer bedeutenden Handelsstraße verbunden, die von Znaim nach Südböhmen führte. Bereits an der Wende vom 11. zum 12. Jahrhundert entstand hier eine Siedlung, deren weitere Entwicklung durch die Entdeckung von Gold- und Silbervorkommen gefördert wurde. Der Name der Stadt wird von der Bezeichnung „Jamníci“, also von Bergleuten, die Erze in primitiven Gruben abbauten, abgeleitet. Die erste schriftliche Erwähnung von Jamnitz stammt aus dem Jahr 1226. Ein Jahr später ordnete König Přemysl Ottokar I. die Befestigung der Siedlung an, die als königlicher Besitz an der Stelle einer Grenzburg gegründet worden war und sich zu einer der wichtigsten Stützen der königlichen Macht in Südwestmähren entwickelte. Aus dem umfangreichen System der Stadtbefestigung sind bis heute bedeutende Teile der Stadtmauer, drei Basteien und zwei Barbakane erhalten geblieben.

Die größte Blütezeit erlebte Jamnitz im 14. Jahrhundert als königliche Bergstadt. Unter der Herrschaft der Luxemburger erhielt die Stadt umfangreiche wirtschaftliche und administrative Privilegien, die ihre Stellung unter den bedeutenden mährischen Städten stärkten. König Johann von Luxemburg bestätigte und erweiterte im Jahr 1327 die städtischen Rechte. Markgraf Karl bestätigte diese Privilegien im Jahr 1335 erneut und schenkte der Stadt zugleich eine Goldgrube in Jezičky. Zehn Jahre später verlieh er den Jamnitzer Bergleuten das Iglauer Bergrecht für die Gruben in Štítky, wodurch die weitere Entwicklung des Bergbaus gefördert wurde. Die Erinnerung an diese Epoche blieb auch in der Volksfesttradition des Barchan erhalten, deren Ursprünge mit der Zeit der Luxemburger verbunden werden.

Ein bedeutender Bestandteil des mittelalterlichen Jamnitz war die jüdische Gemeinde, die zu den ältesten auf dem Gebiet der böhmischen Länder zählt. Sie ist erstmals im Jahr 1336 urkundlich belegt. Das jüdische Viertel befand sich im südlichen Teil des historischen Stadtkerns, und auf dem örtlichen Friedhof haben sich Grabsteine erhalten, die bereits aus dem 17. Jahrhundert stammen.

Im 15. Jahrhundert wurde die Stadt von kriegerischen Ereignissen betroffen. Im Jahr 1422 belagerten die Hussiten Jamnitz, konnten die Stadt jedoch nicht einnehmen. Einige Jahrzehnte später wurde sie hingegen von den Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvinus verwüstet, was zum Niedergang des örtlichen Bergbaus führte. Nach 1464 gelangte Jamnitz als Pfandbesitz an die Herren von Lichtenburg, und im Jahr 1496 erwarben die Herren von Ludanitz die Stadt. In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts verlor Jamnitz seinen Status als königliche Stadt, als König Ferdinand I. sie an Heinrich von Měřín übertrug. Dennoch wurden den Bürgern weiterhin zahlreiche Privilegien bestätigt. Im Jahr 1523 erhielten sie das Recht zur Erhebung von Mautgebühren und wurden zugleich von deren Zahlung in Böhmen und Mähren befreit. Im Jahr 1529 wurde der Bau einer städtischen Wasserleitung genehmigt; 1537 wurde der Betrieb der Goldmine wieder aufgenommen und eine neue Bergordnung erlassen.

In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde das Leben der Stadt auch durch religiöse Veränderungen geprägt. Im Jahr 1576 wurde für die Herrschaft Jamnitz eine lutherische Kirchenordnung erlassen. Nach der Schlacht am Weißen Berg im Jahr 1620 wurde die Stadt jedoch von kaiserlichen Truppen besetzt, und ab diesem Zeitpunkt begann eine konsequente Rekatholisierung. In den folgenden Jahrzehnten wechselte die Herrschaft über Jamnitz mehrfach den Besitzer. Zu den bedeutendsten Adelsgeschlechtern gehörten die Jankovský von Wlašim, die Grafen von Daun, die Grafen von Stadion und schließlich die Fürsten von Pallavicini, die die Herrschaft bis zum Jahr 1945 besaßen.

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