Die ersten fassbaren Beweise von der Besiedlung des Gebietes stammen aus dem 8. Jahrhundert. Es handelt sich um einen Befund eines slawischen Brandgrabes in der Nähe der österreichischen Grenze. Die entstandene Ansiedlung entwickelte sich und wurde zu einem festen Teil der landherrischen Burg Zornstein (tsch. Vranovský hrad), die, des umgebenden Landes einschließlich, tschechisch war. Die erste schriftliche Erwähnung der Gemeinde Schaffa (tsch. Šafov) ist für das Jahr 1323 nachweisbar. Während der Hussitenkriege durchquerten die Gemeinde mehrmals die österreichischen und Hussitenherren. In grausamen Kämpfen wechselte Schaffa mehrmals den Besitzer und aus der Gemeinde blieben nach dem Rückzug der Hussiten nur verbrannte Trümmern. Die ganze Umgebung würde entvölkert und dies wurde durch die Pestepidemie vollendet. Eine bedeutsame Blütezeit erlebte die Gemeinde in der Zeit, wenn sie dem Besitzer der Burg Zornstein, dem Landeshauptmann von Znajm, Zdeněk Lomnický z Meziříčí gehörte (es handelt sich um Zeit gegen 1540).  Es kam zu der Erneuerung des Dorfes und die Handwerke gewannen an Bedeutung und ihre Stellung wurde erhoben. Im Jahre 1540 erteilte der Kaiser dem Dorfe zum zweiten Mal die Stadtrechte, die Schaffa während der Hussitenkriege verloren hat. Schaffa wurde zu einer Kleinstadt erhoben, bekommt ein Wappen, ein silberndes Insiegel, Erlaubnis die Handwerke zu betreiben und Erlaubnis den St. Bartholomeus Markt zu betreiben. Die Kleinstadt hat mit Laufe der Zeit auch weitere Rechte erworben, wie z.B. das Gerichtsrecht. In der Blütezeit der Handwerke und Reichtum der Stadt wurde auch die Befestigung erneut, die aus der Zeit vor den Hussitenkriegen stammte. Die Befestigung hielt bis zum Jahre 1647 aus, wenn Schaffa von Schweden zerstört wurde. Die Wände und drei Tore, durch die die Kleinstadt betreten wurde, wurden allmählich auseinandergebaut. Am längsten wurde das Petřín-Tor erhalten (bis zum Jahre 1889). Die katholische Kapelle mit dem Pfarrhaus, die hier seit dem Jahre 1516 stand, wurde im Jahre 1552 in eine Pfarrkirche verwandelt. Diese Kirche ist unter dem Einfluss der nichtkatholischen Herrschaften von Frain (tschechisch Vranov nad Dyjí) im Jahre 1556 in die nichtkatholischen Hände übergegangen. Die lutheranischen Pastoren wirkten hier bis zum Jahre 1631, wenn sie von den katholischen Missionaren ausgedrängt wurden. Wegen des Mangels an die katholischen Priester ging der Pfarrbezirk zugrunde. Ein neuer Priest wurde wieder im Jahre 1703 ernannt.

Eine bedeutsame Begebenheit in der Geschichte der Kleinstadt Schaffa wurde die Entstehung der jüdischen Gemeinde. Dies geschah während der Herrschaft von Maria Theresia (1740 - 1780). Im Jahre 1785 wurde ein jüdischer Friedhof und Tempel erbaut. Eine jüdische Schule wurde im Jahre 1800 gegründet. Im Jahre 1790 lebten in der Gemeinde in 64 Häusern 556 Juden (aus der Gesamtzahl 1096 Bewohner), im Jahre 1934 waren aus 1243 Bewohner 632 Juden. Ab diesem Zeitpunk sinkt aber die Zahl der jüdischen Bevölkerung nur. Nach der Volkszählung im Jahre 1900 lebten in 224 Häusern 942 Bewohner, davon 374 Juden. Die Mehrheit der Bewohner war der deutschen Nationalität, nur 15 Leute gehörten der tschechischen an. Vom Beruf handelte es sich meist um Bauer und Handwerker. Am Anfang des 20. Jahrhunderts befanden sich in der Kleinstadt 2 Schulen – eine jüdische und eine christliche, eine Schulbibliothek, Post, Telegraf, Pfandhaus, katholische Kirche mir einem Pfarrhaus, jüdische Synagoge, Allgemeinarzt und eine Hebamme. Nach dem Jahre 1918, in der Zeit, wenn die Tschechoslowakische Republik entstanden ist und die Staatsgrenze mit Österreich geschlossen wurde, würde der Handel der Bewohner Schaffas mit Österreich gelähmt, und die Bewohner wurden immer ärmer. Der Handel und Handwerke verfielen und dies bewirkte eine große Auswanderungswelle. Demzufolge befanden sich im Dorfe viele leere Häuser, vor allem handelte es sich um Häuser der Juden. In diesen sind Tschechen niedergelassen, die aus Österreich ausgesiedelt wurden. Sie fanden hier aber keine Möglichkeiten eines guten Broterwerbs und deshalb zogen sie weiter in das Innland.  Die tschechische Minderheit hat sich langsam vergrößert. Sie hat aber in der Armut gelebt, da diese Leute kein eigenes Grundstück besaßen. Nach dem Münchner Abkommen verlies das Dorf praktisch die ganze tschechische und jüdische Bevölkerung. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges kam es zu Aussiedlung der deutschen Bevölkerung und zur Besiedlung der Gemeinde von tschechischer Bevölkerung.

Schaffa liegt im westlichen Teil des Bezirkes Znajm (tsch. Znojmo), in der unmittelbaren Nähe der tschechisch-österreichischen Grenze, 7,5 Kilometer südwestlich von Frain (tschechisch Vranov nad Dyjí ). Ein Besucher kann in diesem Dorf sowohl die rekonstruierte St. Bartholomäuskirche als auch eine Menge der historischen Häuser und einen jüdischen Friedhof am Rande des Dorfes bewundern.

In Schaffa wurde ein bedeutender österreichischer Schriftsteller Ludwig Winder geboren.