Nach dem Abitur studierte Krejčí an der tschechischen Karlsuniversität in Prag (Germanistik) und in Leipzig. Im Jahre 1894 folgte die Promotion (PhDr.) an der Karlsuniversität. Nach einer kurzen Tätigkeit an einigen Prager Mittelschulen absolvierte er einen längeren Studienaufenthalt in Berlin. Im Jahre 1898 schloss er seine Habilitation in Prag (Privatdozent) ab. Ab 1908 war Krejčí titular als außerordentlicher Professor, ab 1919 als wirklicher außerordentlicher Professor an der Karlsuniversität tätig. Ab 1920 war er ordentlicher Professor der deutschen Sprache und Literatur an der Masaryk-Universität in Brünn. Im Jahre 1923 wurde er Dekan der Philosophischen Fakultät, in den Jahren 1934-1935 Rektor der Masaryk-Universität. Seine bedeutsame Stellung an der Brünner Universität bezeugt u. a. die Tatsache, dass er sich bei der feierlichen Ehrenpromotion des zweiten Staatspräsidenten Edvard Beneš im März 1937 als Promotor betätigte.
Krejčís germanistisches Werk ist vielseitig und umfangreich. Schon die ältesten Arbeiten aus den 90er Jahren des 19. Jahrhunderts zeigen seine späteren Schwerpunkte: Komparatistik, vor allem germano-slawische Studien (z. B. Zu den deutschen, böhmischen und mährischen Volksliedern, 1892 oder Wallenstein in der deutschen Dramatik und in den deutschen Romanen, 1904). Zur Komparatistik im Rahmen der germanischen Literaturen gehören zwei Abhandlungen: Nordische Stoffe bei Fouqué (1893) und Uhlands skandinavistische Studien (1897).
Weiter gibt es zahlreiche Artikel in Zeitschriften, Zeitungen und Sammelbänden, die vor allem der komparatistischen und germanoslawistischen Problematik gewidmet sind. Als Theaterreferent schrieb Krejčí in der Zwischenkriegszeit fast zwanzig Jahre regelmäßig Kritiken über das Theaterleben in Brünn für die Prager Zeitung „Národní Politika“.
Sein Buch Studie z novější literatury německé (Studien aus der neueren deutschen Literatur, 1904) präsentierte eine Reihe von damals populären Autoren, die allerdings in Tschechien bis dahin nur wenig bekannt waren (Julius Hart, Hermann Conradi, Ludwig Jacobowski, Johannes Schlaf, Richard Dehmel, Stefan George, Bruno Wille, Detlev Liliencron). Es handelt sich um gelungene, meistens mit Zitaten dokumentierte Portraits.
In den Prager Jahren widmete sich Krejčí ebenfalls intensiv einer fast vergessenen Persönlichkeit der deutsch-tschechischen Literatur, dem ersten Übersetzer Máchas ins Deutsche, Siegfried Kapper. Das Buch Příspěvky k poznání básnické činnosti Siegfrieda Kappera (Beiträge zur Erforschung der dichterischen Tätigkeit Siegfried Kappers, 1911) konzentrierte sich vor allem auf Kappers Übersetzungen alter serbischer Heldenlieder ins Tschechische und ins Deutsche aus dem Nachlass (beide Versionen unterscheiden sich ziemlich viel). Später gab Krejčí eine Monographie (Siegfried Kapper, 1919) und eine Anthologie Výbor ze spisů S.Kappera (Auswahl aus den Werken S. Kappers, 1921) heraus. In seiner Prager Zeit entstand auch das Buch Richard Wagner jako filosof a básník (Richard Wagner als Philosoph und Dichter, 1913), eine Monographie, in der die ideelle Entwicklung und das dichterische Werk Wagners untersucht wird.
In Brünn orientierte sich Krejčí vor allem an Moravica. Insbesondere befasste er sich mit dem Brünner Augustinermönch, dem ersten Brünner Germanisten Franz Thomas Bratranek (1815 – 1884), dem ersten Herausgeber der Korrespondenz Goethes. Krejčí untersuchte seinen Nachlass und widmete ihm zwei Studien Goethe und Bratranek (1929) und Dvě rukopisné interpretace (Zwei handschriftliche Interpretationen, 1932). In der zweiten von ihnen charakterisierte er Bratraneks damals noch nicht veröffentlichte Kommentare zu Goethes Faust und zu Urworte orphisch. Im Jahre 1934 gab er dann in der Zeitschrift „Germanoslavica“ einen Teil der Autobiographie Bratraneks heraus.
Jan Krejčí gehörte zur ersten Generation der tschechischen Germanisten, die seit 1882 an der selbstständigen tschechischen Universität studierte – seine Lehrer Mourek und Kraus absolvierten noch die deutsche Universität. In seiner Studienzeit herrschte der Scherersche Positivismus (den in Prag August Sauer repräsentierte) mit seiner Betonung der ältesten und der klassischen Philologie. Die Spuren dieser Orientierung waren bei Krejčí in den Anfängen sehr stark. Demgegenüber kann Krejčís erstes Buch über die zeitgenössische Literatur als etwas Neues und Unerwartetes verstanden werden. Bahnbrechend sind allerdings vor allem Krejčís germanoslawistische Werke, insbesondere seine Arbeiten über S. Kapper und F.T. Bratranek. (Jiří Munzar, Brno)