Historiker wussten lange Zeit nicht, wann die Stadt Kojetein gegründet wurde. Obwohl mehrere Dokumente aus dem 11. und 13. Jahrhundert erhalten sind, in denen Kojetein erwähnt wird, ist ihre Authentizität fraglich. Neuste historische Forschungen behaupten, dass die erste schriftliche Erwähnung der Stadt aus dem Jahr 1233 stammt. Am Ende des 12. oder Anfang des 13. Jahrhunderts gehörte Kojetein zusammen mit einigen umliegenden Dörfern dem Bistum Prag bis zur hussitischen Bewegung im 15. Jahrhundert, als die Stadt von den Hussiten erobert und besetzt wurde. Kojetein wurde nach dem Ende der hussitischen Bewegung an Georg von Sternberg versetzt. Im Laufe der Jahre wurde die Stadt im 15. Jahrhundert oft versetzt und die Besitzer wechselten mehrmals. 

Das Herrschaftsgut Kojetein und die Stadt selbst erfuhren eine große Entwicklung unter den Herren von Pernstein. Sie versuchten möglichst viel Nutzen von ihrem Herrschaftsgut zu haben und achteten daher auf die Entwicklung des Handwerks (vornehmlich Weberei und Schuhmacherei), des Handels und der Untertanenlandwirtschafts. Sie kannten sich in der Landwirtschaft aus, führten neue Methoden in der Wirtschaftsführung ein und betrieben Unternehmen (Teiche, Brauereien, Mälzereien, Hütten usw.). Die Erteilung des Jahresmarktrechts 1523 trug zur Entwicklung des Handels bei. 

Der Dreißigjährige Krieg betraf auch Kojetein. Im Juni 1643 fielen schwedische Soldaten in die Stadt ein und plünderten sie. Die erfolgreiche wirtschaftliche Entwicklung wurde für lange Zeit gestoppt, auch aufgrund der darauffolgenden Pest und häufiger Brände. 

Ende des 17. und Anfang des 18. Jahrhunderts gab es einen jahrzehntelangen Streit zwischen dem Erzbistum Prag und den Herren von Kojetein um das Schutzrecht über die Stadt und das Herrschaftsgut. 1720 gehörte das Herrschaftsgut wieder dem Erzbistum Prag. 1735 brannte die ganze Stadt nieder und einige Jahre später wurde sie von den Preußen geplündert. 1750 wurden Kojetein die Stadtprivilegien endlich erteilt.  

Im 19. Jahrhundert stieg die Bevölkerungszahl. In der überwiegend landwirtschaftlich geprägten Stadt spielten auch die Errichtung einer Zuckerfabrik, einer Brennerei, die Errichtung des Eisenbahnknotens Prerau-Brünn und die damit verbundene Einwanderung der Bevölkerung eine wichtige Rolle. 

Wichtige Persönlichkeiten der Stadt sind der Barockmaler und Freskant Franz Anton Sebastini, Priester und Historiker Beda Dudík und österreichischer Autor Alexander Niklitschek.