Leipnik wurde schon im frühen Mittelalter als Siedlung auf der Bernsteinstraße gegründet. Die erste schriftliche Erwähnung von Leipnik stammt aus dem Jahr 1238, aber die Stadt selbst ist zweifellos älter. Irgendwann zwischen 1256 und 1266 entstand aus einem Teil des landesherrschaftlichen Gebiets ein neues Dominium mit der Burg Drahotuš und dem Wirtschaftszentrum Leipnik. Der Besitzer wurde Bohuš von Drahotuše, ein wichtiger Höfling von König Přemysl Ottokar II. Ein Dokument aus dem Jahr 1349 belegt bereits die Existenz einer reichen und stabilisierten Stadt, die über ein eigenes Siegel verfügte. Im Jahr 1378 gewährten die Herren von Krawarn die Stadtprivilegien, die die weitere wirtschaftliche Entwicklung der Stadt ermöglichten. Dazu gehörte insbesondere die Gewährung von Heimfall, Frondienst und Spende von Ländern.

Die größte Blütezeit erlebte Leipnik seit dem letzten Viertel des 15. Jahrhunderts, als es Teil der ausgedehnten Länder der Herren von Pernstein wurde. Das Jahr 1475 wurde zu einem wichtigen Markstein in der Geschichte der Stadt. Das Herrschaftsgut wurde nämlich von Wilhelm von Pernstein gekauft. Er baute ein ausgedehntes Dominium in Mittelmähren auf, das die Herrschaftsgüter Mährisch Weißkirchen, Drahotuše, Leipnik, Wesselitschko, Buchen, Prerau, Tobitschau, Plumenau und Proßnitz umfasste und wurde derzeit der reichste und wichtigste Adelige der tschechischen Länder. Es gab hier viele Gewerke - die Schlosser, Schuhmacher, Schneider, Bäcker, Töpfer. Die Stadt war bis zum Beginn des Dreißigjährigen Krieges reich und wohlhabend. Der Dreißigjährige Krieg war jedoch eine Katastrophe für die Stadt. Ein Drittel der Häuser wurde zerstört, die Stadt war politisch und wirtschaftlich gelähmt und wurde bereits 1623–1624 von der Pest weitgehend dezimiert.

Der Wendepunkt in der Entwicklung von Leipnik waren die 1940er Jahre. Die wichtigste Änderung war der Bau der Nordbahn, die von Wien nach Prerau und Leipnik führte, das dann fünf Jahre lang die Endstation und gleichzeitig einen der größten Umschlagplätze von Waren in der österreichischen Monarchie bildete. Dies führte zu einer außergewöhnlichen Entwicklung von Handwerken, dem Fuhrwesen und besonders großen Märkten.

In Leipnik studierte unter anderem Johann Carl Ratzer. Hier wurde auch Jan Neff geboren, der die Arbeit von Antonín Dvořák finanziell unterstützte. Während der Sommerferien kamen Persönlichkeiten der damaligen Kultur zu Herrn Neff nach Hause und dort fanden Konzerte statt. Auch Antonín Dvořák blieb hier und begann hier die Mährischen Doppelgesänge zu komponieren.